Jak v nedávném rozhovoru na Lupě vzpomněl Ondřej Tomek, Atlas.cz vznikl vlastně jako případová studie pro technologii Microsoftu s názvem ASP. Portál spolupracoval se známou softwarovou firmou především v oblasti marketingu, vedle loga se objevila pro české uživatele možná trochu nesrozumitelná zkratka této sítě a portál začal používat webovou adresu msn.atlas.cz. Samotný portál měl navíc z pohledu technologií k Microsoftu poměrně blízko, protože byl postaven na jeho řešení. První verze běžela na webovém serveru Internet Information Services 3.0 a operačním systému Windows NT 4. 0.
V době zahájení spolupráce měla česká pobočka Microsoftu šedesát stálých zaměstnanců a dvacet stálých pracovníků na podporu. Je to model, který byl zvolený pro jednotlivé země východní Evropy, není to česká specialita, komentoval situaci Jan Műhlfeit, tehdejší ředitel Microsoftu, spolupráci s Atlasem v rozhovoru pro časopis Computer. Některá média ovšem v souvislosti s tímto partnerstvím přinesla informaci, že se jednalo vůbec o první takové partnerství, protože jinde ve světě se softwarová firma starala o MSN portály sama. V rozhovoru také Jan Műhlfeit označil jako největší problém Internetu malý zájem médií, zejména televize a deníků. Pokud se média o Internetu věnovala, byly tyto příspěvky údajně s chybami.
Atlas.cz získal díky spolupráci se silným partnerem mimo jiné i výhodu v podobě automaticky nastavené domovské stránky v prohlížeči Internet Explorer. Pokud si tedy uživatel na svůj počítač nainstaloval tento software, jako první se mu objevila stránka msn.atlas.cz. Jenže partnerství netrvalo věčně, a tak se koncem srpna roku 2001 objevily první spekulace o chystané „úpravě vztahů“ mezi oběma firmami. Verze Internet Explorer 6.0 začala uživatelům zobrazovat původní domovskou stránku MSN.cz a přestože se na ní stále zobrazoval původní obsah dodávaný Atlasem, byl to jasný důkaz změn, které později skutečně následovaly. Jako jeden z dalších možných důvodů byly uváděny ekonomické výsledky samotného Atlasu. Objevily se totiž zprávy o chystaném prodeji podílu EPIC Holdingu novému investorovi.
Microsoft marketingovou spolupráci ukončil k 1. říjnu roku 2001 z „důvodu odlišné teritoriální strategie“. Známá softwarová korporace měla se svým vlastním do češtiny lokalizovaným portálem velkolepé plány. Kromě vyhledávání v katalogu a aktuálním zpravodajstvím zamýšlela firma spustit platby za služby a ještě větší propojení se systémem Windows například pomocí programu MSN Explorer. Jednalo se v podstatě o webový prohlížeč, který uživatelům ještě více zpřístupňoval všechny služby portálu MSN z různých záložek přímo ve zvlášť upraveném programu. Stáhnout si ho můžete ještě dnes na adrese explorer.msn.cz. Prohlížeč je přímo součástí Windows XP a možnost instalace byste měli najít také v nabídce Přidat nebo odebrat programy.
