Jan Nepomucký se narodil v Nepomuku a pravděpodobně byl potomkem německých kolonistů, kteří přišli do této lokality během 13. století. V té době se kolonizovalo území, které spadalo pod klášter cisterciáků v nedalekém Pomuku, což je na druhé straně Zelené Hory. Narodil se v 1. polovině 14. století a podle legendy mělo být místo jeho narození, stejně jako místo jeho skonu, označeno nebeským světlem. Pokřtěn byl v chrámu svatého Jakuba v Nepomuku a jméno dostal podle Jana Křtitele.

Barokní legenda praví, že rodiče Jana Nepomuckého si na Panně Marii Zelenohorské vyprosili uzdravení svého syna. Proto malý Jan ministroval u cisterciáků, což někteří považovali za projev díkuvzdání za to, že přežil dětství.

Jan Nepomucký prokazatelně uměl česky a jistě i německy a latinsky. U mnichů svatého Bernarda načerpal první vzdělání ve veřejné škole. Již nejisté je jeho studium na školách v Žatci, přesto se z tohoto města stalo svatojánské poutní místo. Podle dobových dokumentů lze rozpoznat, že jeho písmo bylo velice precizní; musel být pilný a mít velkou sebekázeň.

Kněžského svěcení se Janu Nepomuckému dostalo nejpozději kolem roku 1380. V tu dobu působil jako oltářník v jedné z kaplí pražské katedrály a později se stal farářem u svatého Havla na Starém Městě, který byl tehdy považován za prestižní farnost.