V roce 2002 se ve filmu Agent bez minulosti podle románu Roberta Ludluma objevil nový hrdina: profesionální zabiják, který se pokouší oživit svou paměť a prchá před pronásledujícími stíny ze své minulosti. V napínavém a spletitém thrilleru se výrazně herecky předvedl Matt Damon jako agent Jason Bourne. Jason Bourne se teď na plátno vrací v pokračování. Před dvěma lety se domníval, že své minulosti utekl. Nyní ho minulost opět dohání.

Bourne a Marie (Franka Potente) dál žijí v anonymitě. Bournea ženou noční můry a vzpomínky. Vláčí Marii z města do města. Snaží se být vždy aspoň krok před hrozbou, kterou tuší v každém pohledu i v každém telefonním „omylu“, před nebezpečím, které očekává v každé vteřině. Ale ohrožení jej do světa, z něhož chtěl uniknout, neustále vrací. Když se v poklidné vsi, která je jejich dočasným domovem, objeví tajný agent, Bourne s Marií místo kvapně opouštějí. Začne nová globální hra na kočku a myš a Jason Bourne se musí vrátit ke své minulosti, i když tajná operace Treadstone, která vytvářela profesionální zabijáky, už skončila. Před lety Bourneovi řekli, že nesmí s nikým navázat kontakt. Minulost se přihlásila sama. Měli ho nechat na pokoji.